Primul centru de cercetări academice în domeniul istoriei în R.S.S. Moldovenească a fost înfiinţat în 1946 odată cu fondarea Bazei Moldoveneşti a A.Ş. a U.R.S.S., în care a fost inclus Institutul de Istorie, Limbă şi Literatură. În 1958, acest institut este divizat în Institutul de Istorie şi Institutul de Limbă şi Literatură, iar din 1961 Institutul de Istorie funcţionează în cadrul A.Ş.M.
Prin decizia Guvernului Republicii Moldova din 14 decembrie 2005 s-a produs comasarea Institutului de Istorie cu Secţia Stat şi Drept a Institutului Filozofie, Sociologie şi Drept şi formarea Institutului de Istorie, Stat şi Drept. Ca urmare, în anul 2006 în cadrul Institutului de Istorie, Stat şi Drept al A.Ş.M. a fost creat Centrul de Studii Istorice.
În conformitate cu Hotărârea Guvernului RM nr.326 din 18 aprilie 2013 privind reorganizarea unor organizaţii din sfera ştiinţei şi inovării şi Hotărârea CSŞDT al AŞM nr.99 din 25 aprilie 2013, Institutul de Istorie, Stat şi Drept se reorganizează în INSTITUTUL DE ISTORIE AL AŞM prin: 1. Transmiterea Centrului Stat şi Drept la Institutul de Cercetări Juridice şi Politice; 2. Preluarea Sectorului Filosofie din cadrul fostului Institut de Integrare Europeană şi Ştiinţe Politice al AŞM.
Directori ai acestui institut au fost consecutiv m. c. E. Russev (1961-1971), acad. I. Вudac (1971-1973), dr. hab. В. Vizer (1973-1977), m. c. V. Ţaranov (1977-1991), dr. A. Ţaranu (1991-1992), m. c. A. Eşanu (1992-1994), m. c. D. Dragnev (1994-2006), dr. hab. A. Burian (din 2006); dr. Ion Jarcuţchii, dr. Sergiu Mustaţă; dr. Gheorghe Cojocaru.